La storia del Museo ha inizio il 3 luglio 2000, quando i coniugi Paolo Paoletti e Onelia Marasca hanno costituito con atto pubblico la ”Fondazione Oppelide – Museo di Storia Naturale” il cui iter è terminato il 11 ottobre 2001 con il riconoscimento giuridico ai sensi del DPR 361/2000.

L’origine della raccolta di fossili e minerali risale intorno agli anni 1966/1967 quando all’epoca ragazzi, animati dal comune interesse per la natura, per la conoscenza e l’attività di ricerca della vita del passato, hanno iniziato le prime ricerche nella Valle dell’Elce, impegnando tutto il tempo libero a disposizione, e nel corso degli anni hanno arricchito la raccolta, anche con frequenti viaggi di studi e ricerche in Paesi Esteri.

La Fondazione venne costituita con lo scopo di rendere fruibile al pubblico, la raccolta di reperti paleontologici e di minerali, effettuata dai suddetti coniugi mediante la creazione di un Museo di Storia Naturale: un’istituzione culturale a disposizione del mondo della scuola e di tutti i cittadini, con la funzione di comunicare sapere e cultura, di educare alla tutela dell’ambiente, contribuire alla valorizzazione del patrimonio culturale e naturalistico presente nel territorio.

Il Museo di Storia Naturale è diventato così un contenitore culturale, dove i reperti conservati raccontano la storia della vita sulla terra dalle origini allo stato attuale, ed un luogo di dialogo tra la comunità scientifica e il pubblico, nonché un punto di riferimento per tutte le Istituzioni che operano nei settori ad esso connesso.

La Fondazione oltre alla cura e gestione del Museo, ha come obiettivi la diffusione e la conoscenza delle scienze Geo–Paleontologiche e naturalistiche e far conoscere ed apprezzare la natura al più ampio pubblico, poiché il patrimonio naturale e culturale va necessariamente mantenuto e quindi tutelato, affinché le generazioni future possano usufruirne con diritto.

Il nome Oppelide deriva da un genere di ammoniti (Oppelidae) esposte nel Museo, molto rare nella nostra zona, vissute circa 170 milioni di anni fa e rinvenute nei livelli  baiociani della Valle dell’Elce.

Il Museo è stato aperto al pubblico  il 22 Settembre 2002 in un modesto locale situato in  Gagliole, Via R. Bottacchiari  n. 6   concesso  in comodato gratuito  dalla Parrocchia di San Michele Arcangelo di Gagliole. Successivamente in data 10 Aprile 2010  è stato trasferito  in Via Tripoli n. 9  nel centro storico di Gagliole  al piano terra  del palazzo trecentesco di proprietà del Comune di Gagliole  concesso alla Fondazione Oppelide  in comodato gratuito.